物理治療 及 中醫，都會運用針灸處理痛症。現代中醫隨著醫學演變，亦會學習解剖學 及 現代理論，例如: 浮針、激發點。而物理治療亦趕上中西結合的趨勢，現時大學及醫療教育機構的針灸學位及課程，已加入中醫學元素，所以香港的針灸課程相比外國要全面得多。

物理治療針灸屬現代針灸 ; 中醫針灸則以中醫陰陽五行為本。

而另一區別在於物理治療針灸沒有診斷元素，而是針對病徵作處理，就像干擾波、磁療等，屬其中一種處方 ; 而中醫針灸屬於專科，包括明顯的診斷元素。

舉例，兩者分別就像按摩推拿 與 物理治療手法(Manipulation / Mobilization) ，雖然同樣是手法，但物理治療手法(Manipulation / Mobilization)需要專業醫療訓練及專業知識。

無論是中醫針灸還是物理治療針灸，都有”局部取穴” 和 “遠部取穴”，是根據穴位選擇與疾病或症狀部位的關係而進行的兩種取穴方法，並不一定「頭痛拮頭、腳痛拮腳」。

中醫的邏輯:

1. 局部取穴

• 基於「病位所在，穴位近取」理念，針對病灶或症狀直接作用於附近經絡和穴位。
• 常用於治療局部疼痛、肌肉痙攣、關節炎、皮膚病等症狀，因為這些症狀與局部經絡氣血運行密切相關。

2. 遠部取穴

• 基於中醫經絡理論，通過調節遠端穴位來影響全身氣血運行，進而治療遠處的病症。
• 常用於內臟疾病、全身性疾病或局部不宜直接針灸的情況。
• 常依據經絡的「表裡關係」或「上下對應」原則選穴，如手足同名經絡、子午流注等。

物理治療的邏輯:

1. 局部針刺

• 物理治療針灸更注重解剖學和神經肌肉的機制，而非中醫的經絡理論。
• 局部取穴旨在直接刺激受影響的肌肉、筋膜或軟組織，以緩解肌肉緊張、改善血液循環、減輕疼痛或促進組織修復。
• 激痛點（Trigger Points）是局部取穴的主要目標，這些點通常是肌肉內的硬結或敏感區域，針刺可誘發「局部抽搐反應」（Local Twitch Response），幫助釋放肌肉緊張。

2. 遠部針刺

• 基於神經生理學原理，如門控理論（Gate Control Theory）或神經調節（Neuromodulation），通過遠端刺激影響中樞神經系統，調節疼痛感知或肌肉功能。
• 遠部取穴可能針對遠端的相關肌肉群、神經分節（Segmental Innervation）或功能性關聯區域。
• 雖然物理治療針灸不強調中醫的經絡理論，但某些穴位選擇可能與中醫穴位（如合谷、足三里）重疊，因為這些穴位在解剖學上與神經或血管分佈有關。

中西結合物理治療:

以肩周炎為例，患者主要受肌肉繃緊困擾，若以傳統物理治療方式處理，不僅會產生痛感，被動的治療方式亦會受身體保護機制影響。

若能夠為肩周炎患者降低訓練時的痛感產生，患者就能夠利用主動訓練恢復活動功能。

而針灸同時配合運動，正正就能夠做到此效果 ; 這治療方式需要配合淺刺 或 遠部施針(頭針等等)，就能夠在不傷及肌肉情況下，達到減輕痛感並改善主動活動功能。